Quizá si se hubieran parado sus verdugos a analizar los 'signos' extraños por lo poco frecuentes que se produjeron en su asesinato no se hubieran atrevido a cometer la atrocidad; pero aquellas gentes estaban sencillamente ciegas por el odio a la fe, a la Iglesia y al sacerdocio.
José Isabel Flores había nacido en Santa María de la Paz, de la parroquia de San Juan Bautista del Teúl, Archidiócesis de Guadalajara (México), el 28 de noviembre de 1866.
Capellán de Matatlán, de la parroquia de Zapotlanejo, Jalisco, Archidiócesis de Guadalajara. Por 26 años derramó la caridad de su ministerio en esa capellanía, siendo para todos un padre bondadoso y abnegado que los edificó con su pobreza, su espíritu de sacrificio, su piedad y su sabiduría.
Un antiguo compañero, a quien el Padre Flores había protegido, –las ingratitudes y traiciones están en cada momento a la orden del día– lo denunció ante el cacique de Zapotlanejo y fue apresado el 18 de junio de 1927, cuando se encaminaba a una ranchería para celebrar la Eucaristía.
Lo encerraron en un lugar degradante, atado y maltratado; el cacique le hizo escuchar música al mismo tiempo que le ofrecía: «Oye, qué bonita música, si afirmas acatando las leyes, te dejo en libertad». Sin alterarse, el mártir le expresó: «Yo voy a oír una música mejor en el cielo». El Padre José Isabel cumplía la palabra expresada varias veces: «Antes morir que fallarle a Dios».
El 21 de junio de 1927 fue conducido, en la noche, al camposanto de Zapotlanejo. Intentaron ahorcarlo pero no pudieron. Ordenó el jefe que le dispararan, pero el soldado, que reconoció al sacerdote que lo había bautizado, se negó a hacerlo, entonces enfurecido el verdugo asesinó bárbaramente al soldado. Misteriosamente las armas no hicieron fuego contra el Padre Flores por lo que uno de aquellos asesinos sacó un gran cuchillo y degolló al valeroso mártir.
A José Isabel Flores Varela lo canonizó el papa Juan Pablo II, en Roma, el 21 de mayo del Año Jubilar 2000.
La voluntad estaba clara: se trataba de matar al pastor, no importaban los modos, ni era preciso un plan. Ni siquiera pensar si era justo, si estaba al socaire de lo legal.
No es extraño que con el paso de los años y la visión verdadera de los hechos, el pueblo mexicano, guiado por sus pastores, haya tomado la decisión de hacer realidad una ilusión vieja, madurada y ciertamente impulsada por la canonización del reverendo José Isabel y otros mártires mexicanos: el «Santuario de los Mártires», con capacidad para 20.000 personas, cuya primera piedra de se ha bendecido y puesto el 25 de octubre del mismo año de la canonización.