Nació en Limone, Italia, de una humilde y numerosa familia de la cual sólo sobrevivió Daniel. A pesar de ser el hijo único, cuando Daniel decidió dedicar su vida a la evangelización de los africanos, sus padres no se opusieron, aunque les supuso un doloroso sacrificio. Fue ordenado sacerdote a los veintitrés años y tres años más tarde partía en su primer viaje a África.
En su primer encuentro con los africanos quedó Daniel impresionado por la desgracia de los esclavos. De carácter impetuoso y valiente, no consintió con el sufrimiento infligido a tantos hombres y mujeres y decidió llevarse a todos los esclavos fugitivos que encontrara en su camino.
Sin embargo 2 años después de entrar en África tuvo que regresar a Italia. Se había dado cuenta del mayor problema para evangelizar a ese continente: el clima y las enfermedades. El europeo duraba poco en África y el africano no resistía el frío o la vida europea sin desarraigarse. Ideó entonces el "Plan para la regeneración de África" que consistía en establecer misiones, escuelas, hospitales y universidades en lugares estratégicos a lo largo de la costa africana, rodeando todo el continente; lugares templados donde los europeos pudiesen convivir con los africanos. En esos centros se formarían los futuros cristianos: maestros, enfermeras, religiosas y sacerdotes nativos que luego se internarían en el continente para evangelizar las poblaciones y promover su desarrollo.
Al ser ordenado obispo del África central, Daniel no tuvo ningún reparo en ordenar al primer sacerdote africano de aquellos lugares: un antiguo esclavo liberado por él mismo. En 1867 fundó el Instituto para las misiones de África que luego daría lugar a lo que hoy son los Misioneros Combonianos.
Comboni quiso que su obra fuera universal, por eso buscaba ayudas en muchos países: Italia, Francia, Alemania, Austria, Rusia…No quería que su trabajo misionero estuviese atado a una determinada potencia colonial.
Debilitado por la enfermedad, agobiado por el calor de los trópicos y el sudor de las fiebres, antes de exhalar su último aliento, levantó la mano y bendijo a sus compañeros, diciéndoles: "No temáis, yo muero, pero mi obra no morirá".